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Ensembles de données ARNr 16S et ARNr 5S

Ensembles de données ARNr 16S et ARNr 5S



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J'ai besoin de fichiers de structure secondaire d'ARNr 16S et d'ARNr 5S (Gammaproteobacteria - E.coli) au format ct.

J'ai essayé de les chercher dans différentes bases de données d'ARN, je n'en ai pas trouvé. Quelqu'un peut-il me dire où trouver de tels ensembles de données?

Merci d'avance.


RNA STRAND v2.0 - La base de données de la structure secondaire de l'ARN et de l'analyse statistique http://www.rnasoft.ca/strand/

ARNr 16S : fichier de structure secondaire au format ct

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00111&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+ Secondary+structure+for+molecule+CRW_00111

ARNr 5S : fichier de structure secondaire au format ct

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00573&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+ Secondary+structure+for+molecule+CRW_00573


Types d'ARN (acide ribonucléique): 4 types

C'est l'ARN le plus abondant (70-80% du total) qui a 3-4 types. Certains de ses types (23S, 28S) sont les plus longs de tous les ARN. Comme son nom l'indique, l'ARNr est un constituant des ribosomes.

Ici, il se trouve enroulé entre et sur les molécules de protéines. Selon leur coefficient de sédimentation, les ARN des eucaryotes sont de quatre types : 28S, 18S, 5.8S et 5S.

Les ribosomes procaryotes ont trois types d'ARN : 23S, 16S et 5S. 28S, 5.8S et 5S (23S et 5S chez les procaryotes) se trouvent dans la plus grande sous-unité du ribosome tandis que 18S (16 S chez les procaryotes) se trouvent dans la plus petite sous-unité du ribosome. L'ARNr est transcrit sous la forme d'une chaîne plus longue de 45S chez les eucaryotes et de 30S chez les procaryotes.

Dans la transcription eucaryote, l'arrangement dans la direction 5′ → 3′ est 18S — 5.8S — 28S. Plusieurs méthylations se produisent avant l'élimination de l'ARN espaceur. L'élimination de l'ARN espaceur divise le transcrit en 2-3 parties. 5S est souvent transcrit séparément.

(i) les ARNr se lient aux molécules de protéines et donnent naissance à des ribosomes,

(ii) l'extrémité У de l'ARNr 18S (16S chez les procaryotes) a des nucléotides complémentaires à ceux de la région cap de l'ARNm.

(iii) L'ARNr 5S et le complexe protéique environnant fournissent un site de liaison pour l'ARNt.

Les ARNr sont associés à des protéines spécifiques pour former des sous-unités du ribosome. La sous-unité 50S du ribosome procaryote contient l'ARNr 23S, l'ARNr 5S et quelque 32 molécules de protéines. La sous-unité 30S du ribosome procaryote a un ARNr 16S et environ 21 molécules de protéines.

La sous-unité 60S du ribosome eucaryote contient l'ARNr 28S, l'ARNr 5S, l'ARNr 5,8S et environ 50 molécules de protéines. La sous-unité 40S du ribosome eucaryote est constituée d'ARNr 18S et de 33 molécules de protéines.

Taper # 2. ARN de transfert (ARNt) :

Il est également appelé soluble ou sRNA. Il existe plus de 100 types d'ARNt. L'ARN de transfert constitue environ 15 % de l'ARN total. L'ARNt est le plus petit ARN avec 70-85 nucléotides et un coefficient de sédimentation de 4S. Les bases azotées de plusieurs de ses nucléotides sont modifiées, par exemple la pseudouridine (ψ), la dihydrouridine (DHU), l'inosine (I).

Cela provoque l'enroulement de l'ARNt par ailleurs simple brin en forme de L (trois dimensions, Klug, 1974) ou en forme de trèfle (deux dimensions, Holley, 1965). Environ la moitié des nucléotides sont appariés en bases pour produire des tiges appariées. Cinq régions sont non appariées ou simple brin : site de liaison AA, boucle T С, boucle DHU, bras supplémentaire et boucle anticodon.

(i) Anticodon :

Il est composé de trois bases azotées permettant de reconnaître et de s'attacher au codon de l'ARNm.

(ii) Site de liaison AA :

Il se trouve à l'extrémité 3 à l'opposé de l'anticodon et possède un groupe CCA-OH. Ce groupe CCA est ajouté après la transcription (la fin 5′ porte le G). L'acide aminé ou le site de liaison à l'AA et l'anticodon sont les deux sites de reconnaissance de l'ARNt.

(iii) Boucle T C :

Il contient de la pseudouridine. La boucle est le site de fixation aux ribosomes,

(iv) Boucle DHU :

La boucle contient de la dihydrouridine. C'est un site de liaison pour l'enzyme aminoacyl synthétase,

(v) Bras supplémentaire :

C'est un bras ou une boucle à site variable qui se situe entre la boucle T C et l'anticodon. Le rôle exact du bras supplémentaire n'est pas connu.

(i) l'ARNt est une molécule adaptatrice qui est destinée à transférer des acides aminés aux ribosomes pour la synthèse de polypeptides. Il existe différents ARNt pour différents acides aminés. Certains acides aminés peuvent être captés par 2 à 6 ARNt. Les ARNt portent des acides aminés spécifiques à des points particuliers au cours de la synthèse polypeptidique selon les cidons de l'ARNm.

Les codons sont reconnus par les anticodons des ARNt. Des acides aminés spécifiques sont reconnus par des enzymes activatrices ou aminoacyl synthétase particulières,

(ii) Ils détiennent des chaînes peptidyliques sur les ARNm.

Taper # 3. ARN messager (ARNm) :

C'est un ARN long qui constitue 2-5% de la teneur totale en ARN. Il apporte des instructions de l'ADN pour la formation d'un type particulier de polypeptide. Les instructions sont présentes dans la séquence de bases de ses nucléotides. Ii est appelé code génétique. Trois bases azotées adjacentes spécifient un acide aminé particulier.

La formation de polypep­tide se produit sur le ribosome. L'ARNm s'attache au ribosome. Les ARNt sont induits à amener les acides aminés dans une séquence particulière selon la séquence de codons présents sur l'ARNm. L'ARNm a une région méthylée à l'extrémité 5 & 8242.

Il fonctionne comme un capuchon pour la fixation avec le ribosome. Cap est suivi d'un codon d'initiation (AUG) soit immédiatement, soit après une petite région non codante. Ensuite, il y a la région codante suivie du codon de terminaison (UAA, UAG ou UGA). Il y a alors une petite région non codante et une zone poly A à l'extrémité 3' (Fig. 9.24). Un ARNm peut ne spécifier qu'un seul polypeptide ou plusieurs d'entre eux.

Le premier est appelé monocistronique tandis que le second est appelé polycistronique. L'ARNm polycistronique est plus fréquent chez les procaryotes. L'ARNm eucaryote est généralement monocistronique.

La durée de vie de l'ARNm est également variable. Dans certaines formes inférieures, elle varie de quelques minutes à quelques heures. Par contre les ARNm des formes supérieures semblent avoir une longue durée de vie. Il est de plusieurs jours en cas de jeunes globules rouges qui continuent à former de l'hémoglobine même lorsque le noyau a dégénéré.

(i) l'ARNm porte des informations codées pour la traduction en formation de polypeptide.

(ii) Grâce à la transcription inverse, il peut former des gènes compacts qui sont utilisés en génie génétique. Le phénomène se produit également dans la nature et a ajouté certains gènes dans les génomes,


Caractéristiques des gènes ARNr nucléaires (18S, 5.8S, 28S et 5S) et mitochondriaux (12S et 16S) de Apis mellifera (Insecta : Hymenoptera) : structure, organisation et éléments rétrotransposables

La réutilisation de cet article est autorisée conformément à l'Acte Creative Commons, Attribution 2.5, qui n'autorise pas l'exploitation commerciale.

Résumé

En tant que manuscrit accompagnant la publication du génome de l'abeille mellifère, nous rapportons la séquence complète des séquences de gènes codant pour l'ARN ribosomique (ARNr) nucléaire (18S, 5,8S, 28S et 5S) et mitochondrial (12S et 16S) (ADNr) et des régions d'espacement transcrites en interne et en externe de Apis mellifera (Insecta : Hyménoptères : Apocrita). De plus, nous prédisons des structures secondaires pour les molécules d'ARNr matures sur la base d'analyses de séquences comparatives avec d'autres taxons d'arthropodes et de références aux structures cristallines récemment publiées du ribosome. En général, les structures des ARNr d'abeilles mellifères sont en accord avec les modèles d'ARNr précédemment prédits d'autres arthropodes dans les régions centrales de l'ARNr, avec peu d'expansion supplémentaire dans les régions non conservées. Nos alignements de séquences multiples sont disponibles sur plusieurs bases de données publiques et fournissent une mise en place préliminaire d'un modèle structurel global de tous les ARNr des insectes. De plus, nous fournissons des séquences conservées flanquant les cistrons d'ADNr qui comprennent les régions d'espacement transcrites de manière externe (ETS) et une partie de la région d'espacement intergénique (IGS), y compris plusieurs motifs répétitifs. Enfin, nous rapportons la survenue d'une rétrotransposition dans l'ADNr de la grande sous-unité nucléaire, car les éléments R2 sont présents dans les points d'insertion habituels trouvés chez d'autres arthropodes. Fait intéressant, les éléments fonctionnels R1 habituellement présents dans les génomes des insectes n'ont pas été détectés dans les gènes de l'ARNr des abeilles mellifères. Les produits de la transcriptase inverse des éléments R2 sont déduits de leurs cadres de lecture ouverts putatifs et structurellement alignés avec ceux d'un autre insecte hyménoptère, la guêpe bijou. Nasonia (Pteromalidés). Des tronçons d'acides aminés conservés partagés entre Apis et Nasonia sont illustrés et servent de sites potentiels pour la conception d'amorces, car les amplicons cibles au sein de ces éléments R2 peuvent servir de nouveaux marqueurs phylogénétiques pour les hyménoptères. Compte tenu de l'achèvement imminent du séquençage de la Nasonia génome, nous espérons que notre rapport finira par faire la lumière sur l'évolution du génome des hyménoptères au sein des insectes supérieurs, en particulier en ce qui concerne le maintien relatif des gènes d'ADNr conservés, des régions d'espacement variables associées et des éléments rétrotransposables.


DiversitéSeq

Motivation: Le séquençage de nouvelle génération, et en particulier le séquençage du gène de l'ARN ribosomique 16S (ARNr 16S), est une technique puissante pour l'identification et la quantification des microbes résidents humains, collectivement connus sous le nom de microbiote humain. Une fois que les abondances bactériennes sont profilées via le séquençage du gène de l'ARNr 16S et résumées dans un ensemble de données de comptage, les indices de diversité fournissent des outils mathématiques précieux pour étudier la composition du microbiote humain. En bref, la diversité alpha peut être utilisée pour décrire la complexité taxonomique d'un seul échantillon, tandis que la diversité bêta peut être utilisée pour identifier les différences entre les échantillons.

Résultats: Le package DiversitySeq implémente dans un cadre unifié l'ensemble du panel d'indices de diversité examiné dans (Finotello et al., 2016), permettant l'évaluation de la diversité à partir d'ensembles de données de comptage. DiversitySeq implémente également un simulateur pour la génération d'ensembles de données de comptage synthétique à partir du séquençage du gène de l'ARNr 16S. Outre les données de séquençage du gène de l'ARNr 16S, ce package peut être utilisé avec d'autres ensembles de données présentant des caractéristiques similaires, tels que le séquençage du gène de l'ARNr 5S, la métagénomique environnementale ou, plus généralement, tout type de matrice où les décomptes sont calculés pour différentes classes non chevauchantes.

Citation

Si vous utilisez le logiciel pour votre recherche, veuillez vous référer à l'article original de DiversitySeq avec la citation ci-dessous.

Finotello F, Mastrorilli E, Di Camillo B. Mesurer la diversité du microbiote humain avec un séquençage ciblé de nouvelle génération. Briefings en bioinformatique. 19 juillet 2018(4) : 679-692.


Procédures expérimentales

Prédiction de la structure secondaire de l'ARNr

Les séquences d'ADNr d'abeilles mellifères assemblées ont été intégrées dans les modèles d'ARNr d'arthropodes (nl 18S, 5.8S, 28S, 5S rRNAs mt 12S et 16S rRNAs) prédits et compilés sur le site Web Comparative RNA (CRW Site) (http://www.rna .icmb.utexas.edu) et le site Web de l'ARNj (http://hymenoptera.tamu.edu/rna). La numérotation des hélices suit le E. coli système disponible sur le site CRW. Les informations relatives à l'alignement des séquences d'ARN à l'aide de modèles de structure secondaire, y compris l'analyse de covariation, les algorithmes thermodynamiques et les régions alignées de manière ambiguë, sont disponibles sur les deux sites Web. Des diagrammes de modèle de structure secondaire ont été générés avec le programme XRNA (développé par B. Weiser et H. Noller, Université de Santa Cruz, CA). Les tableaux de fréquences des paires de bases et les diagrammes structurels sont disponibles sur le site CRW. Les différences entre nos structures d'ARNr d'arthropodes précédentes et celles présentées ici sont illustrées sur le site Web de l'ARNj.

Comparaison de séquences IGS

Les séquences d'ADNr conservées flanquant l'extrémité 3'-terminale de l'ARNr 28S et l'extrémité 5'-terminale de l'ARNr 18S ont été utilisées pour Blast ( Altschul et al., 1990 ) effectue des recherches dans la base de données du génome des abeilles (http://racerx00.tamu.edu/bee_resources.html). Toutes les options de l'assembly 3 ont été explorées, y compris les groupes non affectés (bac 0) cependant, presque sans exception, tous les résultats de Blast étaient dans les lectures répétées de l'assembly 3. Les paramètres de Blast par défaut ont été utilisés, sauf que nous n'avons pas filtré pour une faible complexité. Les résultats ont été considérés comme maître-esclave avec des identités et affichés avec 500 descriptions et alignements. Nous avons utilisé maître-esclave pour identifier les lectures utilisées dans les recherches Blast ultérieures pour étendre la séquence. Seules les différences de séquence répétées quatre fois ou plus ont été rapportées. Les différences uniques et rares de SNP n'ont pas été signalées. Les séquences ont ensuite été alignées manuellement dans SeAl v2.0a11 (Rambaut, 1996). Un seul alignement a été effectué pour l'extrémité 5' de l'IGS, tandis que trois alignements ont été effectués pour l'extrémité 3' des régions IGS et ETS. Les alignements sont disponibles sur le site Web de l'ARNj.

Les séquences d'ADNr de prédiction des éléments R1 et R2 couvrant les sites d'insertion conservés pour les éléments R1 et R2 chez les arthropodes ont été compilées en utilisant la stratégie Blast discutée ci-dessus. Les résultats contenant des séquences non ADNr insérées à l'extrémité 5' ou 3' du site d'insertion ADNr ont été exportés vers SeAl pour un alignement manuel. D'autres recherches Blast ont été effectuées en utilisant des régions conservées de séquences alignées, nous permettant de « marcher » à travers les éléments R à partir des extrémités 5' et 3'. À la fin des éléments R2, nous avons traduit la séquence consensus en six cadres pour déterminer l'ORF de la protéine RT. Cela a permis l'identification de codons de départ et d'arrêt putatifs. Les séquences de nucléotides et d'acides aminés de l'élément R2 de l'abeille mellifère ont été alignées avec l'élément R2-B de la guêpe bijou, Nasonia sp. (N° d'accès GenBank AF090145). L'alignement a été effectué manuellement en référence à la structure publiée des protéines RT des arthropodes ( Burke et al., 1999 ).


Résumé

Les bases de données de séquences accessibles au public du gène de la petite sous-unité de l'ARN ribosomique, également connu sous le nom d'ARNr 16S chez les bactéries et les archées, se développent rapidement et le nombre d'entrées dépasse actuellement les 4 millions. Cependant, il n'existe pas encore de cadre de classification et de nomenclature unifié pour toutes les bactéries et archées. Dans cet article d'analyse, nous proposons des limites taxonomiques rationnelles pour les taxons élevés de bactéries et d'archées sur la base des identités de séquence de gènes d'ARNr 16S et suggérons une justification de la circonscription des taxons non cultivés qui est compatible avec la taxonomie des bactéries et archées cultivées. Nos analyses montrent que seules des séquences d'ARNr 16S presque complètes donnent des mesures précises de la diversité taxonomique. De plus, nos analyses suggèrent que la plupart des séquences d'ARNr 16S des taxons élevés seront découvertes dans des études environnementales d'ici la fin de la décennie en cours.


Méthodes

Souches bactériennes et des conditions de croissance

Infectieux, à faible passage B. burgdorferi N40 a été fourni par le Dr L. Bockenstedt (Yale University, New Haven, CT). Passage haut non infectieux B. burgdorferi B31 a été fourni par le Dr J. Radolf (University of Connecticut Health Center, Farmington, CT). B. burgdorferi 297 (clone BbAH130) a été fourni par le Dr M. Norgard (University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX). Cette souche infectieuse de type sauvage était la souche parentale du ΔréelBbu B. burgdorferi [19]. B. burgdorferi les souches ont été maintenues à 34°C dans du BSK-H (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) additionné de 6 % de sérum de lapin (Sigma) (BSK-H complet) sauf indication contraire. Le nombre de cellules a été déterminé par microscopie à fond noir comme décrit précédemment [17].

Isolement de l'ADN et PCR

ADN de B. burgdorferi a été isolé en utilisant le kit de préparation de matrice PCR High Pure (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, IN). L'amplification par PCR a été réalisée en utilisant Taq ADN polymérase (Sibgene, Derwood, MD). Les amorces utilisées pour la PCR sont répertoriées dans le tableau ​ Tableau1. 1 . La PCR a été réalisée dans un volume final de 10 μl en utilisant un Idaho Technology RapidCycler (Idaho Technology Inc., Salt Lake City, UT). Le programme d'amplification consistait en une dénaturation à 94ଌ pendant 15 s suivie de 37 cycles de 94ଌ pendant 10 s-53ଌ pendant 10 s-72ଌ pendant 50 s (pour la région tRNA Ala -tRNA Ile) ou pendant 2 min (pour la région ARNt Ile -23S rRNA) et extension finale à 72ଌ pendant 30 secondes.

Isolement d'ARN et RT-PCR

ARN de B. burgdorferi a été isolé avec le réactif TRIzol (technologie Invitrogen Life, Carlsbad, CA.) selon les recommandations du fabricant et a été traité avec la DNase sans RNase RQ1 (Promega Corporation, Madison, WI) pour éliminer la contamination par l'ADN. Les amorces utilisées pour la RT-PCR sont répertoriées dans le tableau ​ Tableau1 1 et leur emplacement indiqué dans la figure ​ Figure1. 1 . La RT-PCR a été réalisée en utilisant le système Access RT-PCR (Promega) dans le RapidCycler en utilisant les conditions suivantes : transcription inverse à 48ଌ pendant 45 min, dénaturation à 94ଌ pendant 2 min suivie de 35 cycles de 94ଌ pour 10 sec-52ଌ (ARNr 5S, ARNt Ile , ARNt Ala , ARNt Ala - ARNt Ile , ARNt Ile - ARNr 23S, ARNr 23S - ARNr 5S et ARNr 5S - ARNr 23S régions intergéniques) ou 56ଌ (ARNr 16S, ARNr 23S et région intergénique ARNr 16S-ARNt Ala) pendant 10 s-68ଌ pendant 50 s (tous les gènes ARNr et ARNt et leurs régions intergéniques sauf ARNt Ile -ARNr 23S et régions intergéniques ARNr 23S-ARNr 5S) ou pendant 2 min (ARNt Ile -23S rRNA et 23S rRNA-5S rRNA régions intergéniques) et extension finale à 68ଌ pendant 5 min.

Isolement et mesure de l'ADN total et de l'ARN total

B. burgdorferi Les B31 ont été cultivées à partir de 3 × 10 4 cellules/ml dans BSK-H avec ou sans 6% de sérum de lapin à 34ଌ, ou dans BSK-H avec 6% de sérum de lapin à 23ଌ. B. burgdorferi de 50 à 70 ml de cultures ont été recueillies par centrifugation, lavées deux fois avec du PBS, pH 7,5, remises en suspension dans 900 &# de PBS et mélangées avec 100 &# 003 bcl d'acide trichloroacétique à 50 % à 0 ° C. Après au moins 15 min à 0°C, les cellules ont été recueillies sur des filtres en fibre de verre sans liants (Millipore, Irlande, 25 mm de diamètre, pénétration de particules de 2,7 bcm) et lavées avec 20 ml d'acide trichloroacétique à 5%. Les filtres contenant les cellules piégées ont été repliés, placés au fond d'un tube à essai (13 x000d7 100 mm) et recouverts de 2 ml d'acide trichloracétique à 5%. Les tubes ont été bouchés et placés dans un bain-marie à 90 ° C pendant 20 min. Après refroidissement, des filtres en verre ont été sédimentés par centrifugation et les concentrations d'ADN et d'ARN ont été déterminées par colorimétrie sur des aliquotes du liquide surnageant par des dosages de diphénylamine (pour l'ADN) ou d'orcinol (pour l'ARN) [22,23]. Chaque expérience a été répétée deux fois avec deux répétitions techniques. Les données sont présentées sous forme de moyennes ± SE.

Mesure de la protéine totale

B. burgdorferi B31 ont été cultivés comme ci-dessus. B. burgdorferi les cellules de 1,5 ml de cultures ont été recueillies par centrifugation, lavées deux fois avec du PBS, pH 7,5, pour éliminer toutes les protéines adhérentes dérivées du milieu de culture, remises en suspension dans 50 μl de tampon de lyse contenant 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 0,15 M NaCl 1 mM EDTA 0,1% Triton X-100 et incubé sur de la glace pendant 10 minutes. Les protéines totales ont été mesurées selon la méthode de Bradford [47] (Bio-Rad Protein Assay, Bio-Rad Laboratories) avec un étalon d'albumine de sérum bovin. Chaque expérience a été répétée deux fois avec deux répétitions techniques. Les données sont présentées sous forme de moyennes ± SE.

Détection de (p)ppGpp

(p)ppGpp a été extrait de [32 P]-étiqueté B. burgdorferi et chromatographiés sur des plaques de cellulose PEI-TLC (Selecto Scientific, Suwanee, GA) comme décrit précédemment [17]. Les plaques ont été séchées à l'air, exposées à un écran au phosphore (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) pendant 12 à 24 h et scannées à l'aide d'un Storm 860 PhosphorImager (Molecular Dynamics).

Transcription inverse et PCR en temps réel

La synthèse d'ADNc a été réalisée avec 1 μg du total B. burgdorferi ARN utilisant des amorces aléatoires p(dN)6 (Roche) et la transcriptase inverse du virus de la myéloblastose aviaire (Promega) selon les recommandations du fabricant. Quantifier graisse ARNm et ARNr 16S et 23S, les ADNc résultants ont été amplifiés et analysés sur un instrument de PCR en temps réel LightCycler (Roche) en utilisant le mélange LightCycler Master SYBR Green I (Roche). La PCR a été réalisée dans des capillaires en verre dans un volume final de 20 μl comme décrit précédemment [18]. Le programme d'amplification consistait en une dénaturation à 95ଌ pendant 2 min suivie de 35 cycles de 95ଌ pendant 1s-55ଌ (graisse et ARNr 23S) ou 57ଌ (ARNr 16S) pendant 5 s-72ଌ pendant 10 s. Les réactions de PCR ont été effectuées au moins deux fois pour chaque isolat d'ARN. L'ARN isolé d'au moins deux cultures indépendantes a été utilisé pour des expériences de changement de température. Les réactions de PCR ont été effectuées 4 fois pour chaque isolat d'ARN dans des expériences avec réelBbumutant, et l'ARN a été isolé d'une culture pour les jours 2, 4 et 5, et de deux cultures indépendantes pour les jours 3 et 6. Résultats utilisant deux ensembles d'amorces différents pour la quantification de l'ARNr 16S #x200B Figure1) 1 ) étaient similaires et ont donc été combinés. ADN génomique de 10 3 -10 6 cellules de la B. burgdorferi souche a été utilisée comme standard pour estimer la quantité d'ADNc pour les gènes étudiés dans chaque PCR en temps réel. Les échantillons ont été normalisés à la quantité d'ADNc exprimé de manière constitutive graisse. Niveaux relatifs d'expression d'ARNr (copies d'ARNr/copies graisse) ont été calculés pour chaque espèce d'ARNr (ARNr 16S ou 23S). Parce que graisse L'expression de l'ARNm est constitutive [48,49], et graisse est situé sur le chromosome distal par rapport à l'origine de réplication [50] ce qui garantit qu'il n'y a qu'une seule copie de graisse/cellule borréliale, normalisation avec graisse est adéquat. Dans les expériences de RT RT-PCR avec différentes températures, ces niveaux d'expression ont été davantage normalisés à l'expression pendant la croissance dans BSK-H à 23 ° C et 106 cellules/ml. Dans les expériences avec ΔréelBbu, les niveaux d'expression ont été normalisés à l'expression de type sauvage au deuxième jour - le premier jour où l'ARN a été collecté, séparément pour les ARNr 16S et 23S. L'expression relative de l'ARNr de chaque espèce d'ARNr est présentée comme moyenne ± SE.

Méthodes statistiques

Les différences dans les niveaux moyens de transcription de l'ARNr, les nombres de cellules et les quantités d'ADN total, d'ARN et de protéines ont été statistiquement analysées à l'aide d'une analyse de variance unidirectionnelle avec un post-test de comparaisons multiples de Tukey-Kramer. Les différences étaient jugées significatives si P < 0,05.


ARN ribosomique

Nos rédacteurs examineront ce que vous avez soumis et détermineront s'il faut réviser l'article.

ARN ribosomique (ARNr), molécule dans les cellules qui fait partie de l'organite synthétisant les protéines connu sous le nom de ribosome et qui est exportée vers le cytoplasme pour aider à traduire l'information contenue dans l'ARN messager (ARNm) en protéine. Les trois principaux types d'ARN présents dans les cellules sont l'ARNr, l'ARNm et l'ARN de transfert (ARNt).

Les molécules d'ARNr sont synthétisées dans une région spécialisée du noyau cellulaire appelée nucléole, qui apparaît comme une zone dense à l'intérieur du noyau et contient les gènes qui codent l'ARNr. Les ARNr codés diffèrent par leur taille, se distinguant comme étant grands ou petits. Chaque ribosome contient au moins un grand ARNr et au moins un petit ARNr. Dans le nucléole, les grands et petits ARNr se combinent avec les protéines ribosomiques pour former les grandes et petites sous-unités du ribosome (par exemple, 50S et 30S, respectivement, chez les bactéries). (Ces sous-unités sont généralement nommées en fonction de leur vitesse de sédimentation, mesurée en unités Svedberg [S], dans un champ centrifuge.) Les protéines ribosomales sont synthétisées dans le cytoplasme et transportées jusqu'au noyau pour un sous-assemblage dans le nucléole. Les sous-unités sont ensuite renvoyées dans le cytoplasme pour l'assemblage final.

Les ARNr forment des structures secondaires étendues et jouent un rôle actif dans la reconnaissance des portions conservées des ARNm et des ARNt. Chez les eucaryotes (organismes possédant un noyau clairement défini), de 50 à 5 000 ensembles de gènes d'ARNr et jusqu'à 10 millions de ribosomes peuvent être présents dans une seule cellule. En revanche, les procaryotes (organismes dépourvus de noyau) ont généralement moins d'ensembles de gènes d'ARNr et de ribosomes par cellule. Par exemple, dans la bactérie Escherichia coli, sept copies des gènes de l'ARNr synthétisent environ 15 000 ribosomes par cellule.

Il existe des différences radicales entre les procaryotes dans les domaines Archaea et Bacteria. Ces différences, en plus d'être évidentes dans la composition des lipides, des parois cellulaires et l'utilisation de différentes voies métaboliques, se reflètent également dans les séquences d'ARNr. Les ARNr des bactéries et des archées sont aussi différents les uns des autres que des ARNr eucaryotes. Cette information est importante pour comprendre les origines évolutives de ces organismes, car elle suggère que les lignées bactériennes et archéennes ont divergé d'un précurseur commun quelque peu avant le développement des cellules eucaryotes.

Chez les bactéries, le gène qui s'est avéré le plus informatif pour étudier la parenté évolutive est ARNr 16S, une séquence d'ADN qui code le composant ARN de la plus petite sous-unité du ribosome bactérien. Les ARNr 16S gène est présent dans toutes les bactéries, et une forme apparentée se produit dans toutes les cellules, y compris celles des eucaryotes. Analyse de la ARNr 16S séquences de nombreux organismes a révélé que certaines parties de la molécule subissent des changements génétiques rapides, distinguant ainsi les différentes espèces au sein du même genre. D'autres positions changent très lentement, permettant de distinguer des niveaux taxonomiques beaucoup plus larges.

D'autres implications évolutives de l'ARNr découlent de sa capacité à catalyser la réaction de la peptidyl transférase au cours de la synthèse des protéines. Les catalyseurs s'auto-promeuvent - ils facilitent les réactions sans être eux-mêmes consommés. Ainsi, l'ARNr, en servant à la fois de dépôt d'acides nucléiques et de catalyseur, est soupçonné d'avoir joué un rôle clé dans l'évolution précoce de la vie sur Terre.

Les rédacteurs de l'Encyclopaedia Britannica Cet article a été récemment révisé et mis à jour par Kara Rogers, rédactrice en chef.


BIOCHIMIE, BIOMÉDECINE & PHARMACEUTIQUE

1) Le code génétique est une triple séquence de nucléotides dans l'ARNm qui détermine la séquence d'acides aminés de la protéine. Voici les caractéristiques des acides aminés SAUF :
a) Spécificité
b) Universel
c) redondant
d) Chevauchement

2) L'aminoacyl t-ARN synthétase catalyse l'ajout d'acides aminés à la chaîne polypeptidique en croissance et nécessite quatre phosphates à haute énergie. Elles sont
a) 4 ATP
b) 4 GTP
c) 2 ATP, 2 GTP
d) 1 ATP, 3 GTP

3) Le ribosome possède trois sites de liaison (A, P, E) pour les molécules d'ARNt. Lequel des énoncés suivants n'est PAS l'énoncé correct concernant ces sites ?
a) Le site A se lie à un aminoacyl-ARNt entrant
b) Le codon du site P est occupé par le peptidyl-ARNt (un acide aminé contenant l'ARNt)
c) Le site E est occupé par l'ARNt vide à sa sortie du ribosome
d) Aucune des réponses ci-dessus

4) La séquence Shine Dalgarno est située six à dix bases en amont du codon d'initiation de l'ARNm. Cela consiste en
a) Séquence nucléotidique riche en purines
b) Séquence nucléotidique riche en pyrimidine
c) Séquence nucléotidique contenant de l'uracile
d) Aucune des réponses ci-dessus

5) Lequel des éléments suivants est le codon d'initiation ?
a) UGA
b) AOT
c) AUC
d) AAG

6) Chez les procaryotes, les facteurs d'initiation (IF-1, IF-2 et IF-3) sont impliqués dans l'initiation de la synthèse des protéines. Lequel des facteurs suivants facilite le codon d'initiation ?
a) SI-1
b) SI-2
c) IF-3
Tout ce qui précède

7) EF-Tu et EF-T se lient à l'ARNt approprié au codon dans les sites vides. Ces facteurs interviennent dans la. de traduction.
a) Initiation
b) Allongement
c) Résiliation
d) Découpage

8) Le chloramphénicol est une classe d'antibiotiques qui inhibent la synthèse des protéines en inhibant
a) Aminoacyl transférase
b) Peptidyl transférase
c) Facteur d'initiation 1
d) Facteur d'allongement

9) La puromycine, un analogue structurel de l'ARNt, est une classe d'antibiotiques qui inhibent la synthèse des protéines en
a) l'inhibition de l'amino acyltransférase
b) l'inhibition de la peptidyl transférase
c) terminaison précoce de la chaîne peptidique
d) Aucune des réponses ci-dessus

10) La tétracycline est une classe d'antibiotiques qui inhibent la synthèse des protéines en bloquant
a) liaison des facteurs d'initiation
b) liaison des facteurs d'élongation à l'ARNt
c) liaison de l'ARNt aminoacyl au complexe ARNm-ribosome
d) Aucune des réponses ci-dessus

11) Lequel des énoncés suivants n'est pas vrai à propos du code génétique ?
a) C'est dégénéré
b) Il n'y a pas d'ambiguïté
c) Il est presque universel
d) Il se chevauche
12) Lequel des éléments suivants n'est pas le composant de l'ARN ribosomique présent chez les procaryotes ?
a) ARNr 23S
b) ARNr 18S
c) ARNr 16S
d) ARNr 5S


13) Lequel des éléments suivants n'est pas le composant de l'ARN ribosomique présent chez les eucaryotes ?
a) ARNr 28S
b) ARNr 18S
c) ARNr 16S
d) ARNr 5S

14) Lequel des éléments suivants est le site de fixation des acides aminés dans la molécule d'ARNt ?
a) extrémité 5'
b) extrémité 3'
c) boucle anti-codon
d) Aucune des réponses ci-dessus

15) Lactose Operon est un ensemble de gènes métabolisant le lactose qui sont exprimés et régulés de manière coordonnée. Ce qui suit n'est pas le gène de l'opéron lactose :
a) LacX
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

16) Lequel des éléments suivants n'est pas le régulateur positif de l'opéron Lac
a) Allolactose
b) Glycémie
c) Lactose
d) AMPc

17) Lequel des énoncés suivants est l'énoncé FAUX de l'opéron Lactose
a) Le lac Opéron est activé lorsque le glucose est absent
b) Le lac Opéron est activé en présence de lactose
c) Le lac Opéron est activé lorsque le glucose est absent et que le lactose est présent
d) Le lac Opéron est activé lorsque le glucose est présent et le lactose est absent

18) Lequel des gènes suivants code pour la protéine répresseur de l'opéron lac
a) LacI
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

19) LacZ code pour une protéine
a) imprégner
b) bêta-galactosidase
c) transacétylase
d) protéine répresseur

20) L'adénylyl cyclase est une enzyme active en l'absence de
a) Allolactose
b) Glycémie
c) Lactose
d) AMPc

21) L'enzyme peptidyl transférase est présente dans
a) ARN messager
b) Transfert d'ARN
c) ARN ribosomique
d) Petit ARN nucléaire



Des questions

Étudiez le matériel de cette section, puis écrivez les réponses à ces questions. Ne vous contentez pas de cliquer sur les réponses et de les écrire. Cela ne testera pas votre compréhension de ce tutoriel.

  1. Décrire les ribosomes bactériens. (et)
  2. Énoncez la fonction des ribosomes. (et)
  3. Définir la traduction. (et)
  4. Énoncez, de manière générale, comment les antibiotiques comme la néomycine, la tétracycline, la doxycycline, l'érythromycine et l'azithromycine affectent la croissance bactérienne. (et)
  5. Les tétracyclines (tétracycline, doxycycline) sont des antibiotiques qui se lient à la sous-unité 30S des ribosomes bactériens. Les macrolides (érythromycine, azithromycine, clarithromycine) sont des antibiotiques qui se lient à la sous-unité 50S des ribosomes bactériens. Pourquoi ces antibiotiques ne sont-ils pas efficaces contre les infections fongiques, protozoaires ou virales ? (et)
  6. Choix multiple(et)


Voir la vidéo: ARNr: ARN ribosómico (Août 2022).